Badan Layanan Umum Lembaga Pengelola Dana Pendidikan (LPDP) berdiri pada tanggal 30 Januari 2012 yang ditandai dengan ditetapkannya Keputusan Menteri Keuangan No. 18/KMK.05/2012 tentang Penetapan Lembaga Pengelola Dana Pendidikan pada Kementerian Keuangan sebagai instansi pemerintah yang menerapkan pengelolaan keuangan Badan Layanan Umum. Berdasarkan Keputusan Menteri Keuangan tersebut, LPDP dapat mengelola Dana Pengembangan Pendidikan Nasional (DPPN), karena telah berstatus sebagai BLU penuh.

Sebelum BLU tersebut disahkan, telah terbentuk Satuan Kerja Sementara Lembaga Pengelola Dana Pendidikan (SKS-LPDP), yang kemudian diusulkan oleh Menteri Keuangan dan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan kepada Menteri Pendayagunaan Aparatur Negara dan Reformasi Birokrasi untuk dibentuk satuan kerja tetap yaitu Lembaga Pengelola Dana Pendidikan (LPDP). Menteri Pendayagunaan Aparatur Negara dan Reformasi Birokrasi dengan surat Nomor B/3101/M.PAN-RB/12/2011 tanggal 28 Desember 2011 menyetujui LPDP sebagai satuan kerja pada Kementerian Keuangan. Atas dasar persetujuan tersebut, Menteri Keuangan menetapkan Organisasi dan Tata Kerja LPDP melalui Peraturan Menteri Keuangan No. 252/PMK.01/2011 tanggal 28 Desember 2011.

Terbentuknya LPDP merupakan amanat Undang-undang tentang Anggaran Pendapatan dan Belanja Negara sejak Tahun Anggaran 2010 yang mengalokasikan DPPN dan pengelolaannya dilaksanakan oleh Badan Layanan Umum.

Pengelola BLU LPDP merupakan gabungan antara pejabat/pegawai pada Kementerian Keuangan dengan Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan. Sedangkan Dewan Penyantun LPDP terdiri dari Menteri Keuangan, Menteri Pendidikan dan Kebudayaan, dan Menteri Agama.